Działania, które podczas wcześniejszych kontroli nie budziły wątpliwości i oceniano je pozytywnie, tym razem zostały ocenione negatywnie. Już po wstępnej analizie przesłanego wystąpienia, IPN nie zgadza się z subiektywnymi zarzutami sformułowanymi w tym dokumencie. W przewidzianym przez prawo terminie i formie odniesiemy się merytorycznie do wszystkich zarzutów, uzasadniając, że podejmowane działania były gospodarne, rzetelne, racjonalne i zgodne z prawem. A przede wszystkim, że dotyczyły realizacji ustawowych obowiązków Instytutu Pamięci Narodowej – napisał IPN w oświadczeniu w związku z ujawnieniem wystąpienia pokontrolnego Najwyższej Izby Kontroli. Kontrola prowadzona przez NIK w IPN trwała blisko pięć miesięcy.