W kwietniu 2024 r. rozpoczęła się w Muzeum „Pamięć i Tożsamość” szczegółowa kontrola, obejmująca faktury, umowy i księgi. Audyt trwał dwa lata i nie stwierdzono wówczas żadnych nieprawidłowości, w szczególności nie zakwestionowano rzetelności ksiąg finansowych prowadzonych przez Muzeum. Natomiast dwa miesiące później rozpoczęła się kolejna kontrola prowadzona przez te same organy administracji skarbowej. W tym postępowaniu urzędnicy stwierdzili, że księgi Muzeum są nierzetelne. Podejrzewamy, że mogło dojść do przekroczenia uprawnień lub niedopełnienia obowiązków, a także do poświadczenia nieprawdy w dokumencie urzędowym. Ta sprzeczna z przepisami – naszym zdaniem – ocena ksiąg ma już konkretne i wymierne konsekwencje dla Muzeum – mówił w rozmowie z TV Trwam mec. J. Łosoś-Czernicki, pełnomocnik Muzeum „Pamięć i Tożsamość” im. św. Jana Pawła II w Toruniu.